مراکز آموزشی ایران در گذشته دور، که توسط علمای اسلام اداره می شد ، علاوه بر علم ادیان، علم ابدان را هم آموزش می دادند . تشکیل دانشگاه کم و بیش موجب برخی موضع گیری ها ، فاصله و بروز اختلاف بین دانشگاه و حوزه شد .