به گزارش بقاع خبر، ساختمان بقعه به همراه مسجد آن، 413 متر مساحت دارد و از آجر و سیمان ساخته شده و به شکل مربع است و در هر جهت پنج پنجره بزرگ جهت نورگیرى تعبیه شده و بام آن شیروانى است. در وسط این بناى جدید، بناى اصلى بقعه که از آجر و خشت است، حفظ شده و ضریح مشبکِ چوبى به ابعاد تقریبى 1×60/1 متر بر روى مرقدِ امامزاده نصب است.
درِ ورودى بنا از جانب مشرق است که توسّط 5 پلکان به آن راه مىیابد. در اطراف بقعه، مردهگان را دفن نمىکنند، چون معتقدند که پیکر مرده پس از دفن شدن به احترامِ امامزاده از زمین بیرون انداخته مىشود، امّا در ساخت و سازهاى اخیر قبورى مربوط به دوره صفوى در ایوان بقعه قدیمى پیدا شده که تا حدّى این باور را کم رنگ کرده است.
به اعتقاد اهالى، امامزاده سیّد حمزه از فرزندانِ امام موسى کاظم علیهالسلام است، امّا غلامى کفترودى معتقد است که او فرزند سیّد ناصر بن سیّد محمّد بن مهدى بن امیرکا حسینى، از سادات حسینى سده دهم هجرى قمرى است.