پس از زوال صفویه، که مدارس علوم دینی نیز از رونق افتاد، فیضیه نیز مستثنا نبود. در دوره افشار نیز با توجه به سیاست‌های دینی حکومت، توجهی به حوزه‌های علمی و مدارس علمیه نمی‌شد.